La construction de l'immense bâtiment abritant cet organisme est décidée le lundi 11 août 1941 pour héberger l'État-major de l'Armée Américaine, dont l'état-major de l'USAF par exemple.
Elle commence un mois plus tard à Washington (D.C.). Il est constitué de 5 anneaux concentriques (de "A" pour le plus interne à "E" pour le plus externe).
Il accueille ses premiers occupants le mercredi 29 avril 1942, et est achevé le vendredi 15 janvier 1943. 24000 personnes y travaillent.
Le Pentagone est également le siège du NMCC, qui est reputé avoir effectué des poursuites radar d'ovnis.
Le mardi 11 septembre 2001 à 09:35, le Pentagone est frappé par une attaque sans précédent.