L'Atomic Energy Commission, ou Commissariat à l'Energie Atomique, est basé à Albuquerque (Nouveau-Mexique) . L'AEC succède au MED.
En 1946 l'AEC est créée par le Congrès pour diriger la conception et le développement d'armes nucléaires. Elle est également responsable de la conception de réacteurs nucléaires produisant de l'énergie électrique pour la marine. Le General Advisory Committee de l'AEC sera présidé par Oppenheimer, de sa création jusqu'en 1952.
Le dimanche 30 22:45, plus d'une centaine d'observations d'un objet aérien inconnu seront effectuées par des témoins dans les villes d'El Paso, Albuquerque, Alamogordo, Socorro et Roswell, ainsi que par du personnel attaché aux installations de recherche de l'AEC, et à la base d'essais d'armements de White Sands. Tout semble indiquer un accident ou un atterrissage.
Le samedi 25 février 1950 à 15:55, à Los Alamos (Nouveau-Mexique), 12 inspecteurs de la sécurité de l'AEC observent un cylindre argenté et clignotant, aux extrémités effilées, voler lentement puis rapidement, palpiter et osciller, et changer de direction. La durée des observations des témoins varie entre s1cas Blue Book non expliqué. Le dimanche 15 octobre 1950 à 15:20 la même année, à Oak Ridge (Knoxville?) (Tennessee), Trooper Rymer, J. Moneymaker, et le capitaine Zarzecki de l'AEC voient 2 objets argentés brillants de la forme d'une balle de fusil ou d'une vessie. Les objets plongent en provoquant une traînée de fumée et l'un d'eux disparaît. L'autre stationne à 5 pieds à 6 pieds d'altitude, à 50 pieds de distance, s'en va et revient plusieur fois, de plus en plus loin s2cas Blue Book n° 819 non expliqué.
Le vendredi 7 décembre 1951 à 08:15, toujours à Oak Ridge (Tennessee), J. H. Collins, garde de l'AEC observe un objet carré de 20 pieds , blanc-gris mais non luisant, voler au-dessus des montagnes vers les nuages et revenir ainsi par 2 fois, la manœuvre durant à chaque fois s3cas Blue Book n° 1021 non expliqué.
Le jeudi 1 mai 1952 à 05:32, au lac Moses (Washington), 2 employés de l'AEC, Eggan and Shipley, observent un objet argenté sans ailes voler horizontalement durant s4cas Blue Book n° 1174 non expliqué.
Brereton y présida le Military Liaison Committee. Gingrich dirigea le département Security and Intelligence de l'AEC.
En 1974 à 1975, le Congrès scinde l'AEC en deux agences, l'une civile, et l'autre militaire :